گزيده بودند ، بر كنار گرديد . فرزند او شيخ حيدر هم در همان سال در درگيرى با يونس خان جان خود را باخت . از اين رو خطر ازبكان در مورد تيموريان به طور موقت از ميان برخاست . محمد شيبانى ( متولد 855 / 1451 ) يكى از نوادگان ابو الخير خان ، پس از مرگ جد و عمش باقى ماند ؛ تا اينكه فرصت يافت با كمك محمود بن يونس خان قدرتى به هم بزند . هنگامى كه او سرانجام از جيحون گذشته و به درون تركستان غربى رخنه كرد ، بار ديگر قلمرو ازبكان شكل گرفت : اين قلمرو در سايه تيموريان كه به دليل كشمكشهاى خانگى نتوانستند واكنشى از خود نشان دهند ، گسترش يافت و اركان امپراتورى مقتدرى را كه حدود يك سده به درازا انجاميد و نقش مهمى در تاريخ آسياى ميانه و نيز ايران ايفاء كرد ، فراهم ساخت . مسأله اصلى محمد شيبانى هم سمرقند بود . او در ضمن شاهزاده بابر را كه پيشتر ذكرش رفت و در سال 899 / 1494 در انديجان به جاى پدر نشسته بود ( پدرش در حادثه‌اى جانش را باخته بود ) ، رقيب تيمورى خود مىدانست . سلطان احمد عم بابر ، براى تسخير فرغانه عليه او به راه افتاد ؛ چون عمر شيخ تحت حمايت متحدان مغولى خويش ، از اطاعت او سرپيچيده و حتى به مناطقى كه متعلق به سمرقند بود ، حمله كرده بود ؛ امّا بابر به دليل مرگ ناگهانى سلطان احمد در جريان پيشروى ، از شر او رهايى يافت . از آنجا كه برادر او محمود كه بابر به جاى او نشسته بود ، سال بعد درگذشت و ديگر هيچ‌كدام از فرزندان سلطان احمد نتوانستد سربلند كنند ، لذا در سال 903 / 1497 سمرقند را اشغال كرد ؛ ولى بعدها به دليل توطئه‌اى كه در انديجان چيده شد ، بناچار آنجا را وانهاد . تقسيم فرغانه كه وى با برادرش جهانگير ( كه از حمايت مغولان برخوردار بود ) ترتيب آن را داد ، فرصت خوبى در اختيار وى گذاشت تا براى رقابت با محمد شيبانى راهى سمرقند شود ؛ ولى او شكست خورد . ازبكان در سال 905 / 1500 سمرقند را متصرف شدند و سلطان على حاكم تيمورى در جريان جنگ جان خود را باخت . بابر كمى پس از آن توانست شهر را با همدستى ديگران تصرف كند . امّا او نيز در رمضان سال 906 / آوريل - مه 1501 در نبرد سارى پل از ازبكان شكست خورد و سمرقند را بار ديگر به آنان واگذاشت . در اين زمان ازبكان توانستند پايگاه محكمى در ماوراءالنهر بهم بزنند و حتى فرغانه زادگاه بابر هم از دستش بيرون آمد ( دراين زمان جهانگير ادعاى فرغانه را داشت ) ؛ بابر سرگردان شد و تا سال 910 / 1504 نتوانست جاى پايى براى خود پيدا كند و در اين سال در كابل مستقر گرديد . دو سال بعد ، سلطان حسين بايقرا در هرات كه از سوى ازبكان تحت فشار قرار گرفته بود ، از او درخواست كمك كرد .